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Vers des systèmes d'élevage résilients : une approche de l'allocation de la ressource pour combiner sélection et conduite dans l'environnement du troupeau

Composition du Jury

• Mme. Wendy M. RAUW, Directrice de recherche, INIA (Madrid, Espagne) : Rapporteur

• Mr. Yves CHILLIARD, Directeur de recherche, INRA (Clermont-Ferrand, France) : Rapporteur

• Mr. Erling STRANDBERG, Professeur, Swedish University of Agricultural Sciences (Uppsala, Suède) : Examinateur

• Mr. Philippe BARET, Professeur, Université de Louvain (Louvain-la-Neuve, Belgique) : Examinateur

• Mme. Muriel TICHIT, Directrice de recherche, INRA SAD (Paris) : Codirectrice de thèse

• Mr. Nicolas FRIGGENS, Directeur de recherche, INRA PHASE (Paris) : Directeur de thèse

Résumé de la thèse

Sélectionner les animaux qui ont le plus haut niveau de production, en tenant peu compte d'autres traits de caractères, a toujours bien fonctionné dans les conditions d'un environnement favorable (i.e. ration riche en nutriments, faible charge pathogène, thermoneutralité). Toutefois, pour de nombreuses raisons (économiques, climatiques, écologiques), les éleveurs auront sans doute de plus en plus de mal à réunir de telles conditions dans l'environnement de leur troupeau, et pourront même délibérément choisir de ne pas le faire. Sélectionner des animaux compatibles avec les conditions futures des troupeaux devient donc tout aussi important qu'adapter la conduite du troupeau en fonction des génotypes sélectionnés par le passé. Pour mieux identifier les contraintes et les opportunités d'appliquer ces deux options, nous proposons, pour la première fois dans cette thèse, un modèle animal intégrant les effets de la sélection et de la conduite du troupeau à court terme (i.e. variabilité hebdomadaire du niveau d'alimentation) et à long terme (i.e. transmission de traits de caractères entre générations). Nous nous sommes concentrés sur la conduite de la lactation longue chez la chèvre laitière qui suscite un intérêt croissant dans les élevages,notamment pour compenser les échecs de reproduction. Nous sommes partis du principe que la sélection et la conduite du troupeau influencent tous deux la façon dont chaque animal alloue ses ressources entre ses fonctions biologiques. Nous avons cherché à évaluer la portée de ce principe pour mieux comprendre le développement des interactions génotype-environnement (G × E) sur le long terme. Nos résultats de simulation indiquent que la sélection intra-troupeau est contrainte par un compromis entre la survie de l'animal et la production de lait ou l'efficacité de cette production. Cependant, ils révèlent aussi une opportunité de lever cette contrainte en combinant une proportion de lactations longues dans le troupeau avec un objectif de sélection alliant production et longévité. Sur le plan biologique, nos résultats soulignent l'importance de trois principaux mécanismes au moyen desquels les animaux tentent d'atteindre leurs objectifs évolutifs : leur contrôle d'un niveau désiré de l'ingestion, leur stratégie de préservation s'appuyant sur les réserves corporelles et leur approche tactique pour faire face au coût de reproduction. Cette thèse suggère que les opportunités d'exploiter durablement les interactions G × E et les capacités biologiques des animaux, telle que la lactation longue, sont favorisées dans les conditions d'un environnement de production variable et avec un objectif de sélection alliant production et caractères fonctionnels. Dans l'ensemble, la thèse converge vers les incitations récentes à intégrer davantage des considérations écologiques dans la recherche sur les systèmes d'élevage.

Mots clés

allocation de la ressource, environnement du troupeau, interactions génotype-environnement, modélisation, lactation longue, chèvre laitière